如何看待 2019 年诺奖得主塞门扎 30 多篇论文涉嫌 P 图造假、学术不端，是真的翻车了吗？

米老鼠和蓝精鼠v · 发表于 2020-12-23 10:07

从算法的角度讲，用纯数据方法（不依赖重复性实验）识别造价要比造价难的多。
甚至投入一定量的的算力后，就可以做到不可识别造假。

哈哈SE7 · 发表于 2020-12-23 10:12

建议多学习下，最时髦的人工智能相关技术。用生成对抗网络生成图片方法了解下，可以以假乱真。生成的图片和原始图片保持同一个统计分布。比这个p 图是不是高大上多了。

海田1 · 发表于 2020-12-23 10:12

本条提问是我在外网看到的报道之后，然后在知乎提的问，之后被官方推荐本问题被锁定编辑，因为文章描叙比较多，就将内容放在了回答区！如果给大家造成误解，在这说声抱歉啦！
以下是外网翻译内容：

今天我们要说的这位就是2019年诺贝尔生理学或医学奖得主，美国约翰·霍普金斯大学教授Gregg Semenza。他与其他两位William Kaelin、Peter Ratcliffe共同获得了2019年诺贝尔奖。但现在他的论文在PubPeer上不断被报道出现学术造假。
Gregg Semenza 1956年出生于美国纽约，1974年从斯里皮高中毕业后，进入哈佛大学学习遗传学。之后到宾夕法尼亚大学进行研究生学习，在宾夕法尼亚儿童医院进行博士研究。1986年赴约翰·霍普金斯大学做博士后研究，后成为该校教授。
Gregg L. Semenza教授主要从事低氧诱导因子（HIF）相关领域研究，已发表论文400余篇，被引用超过10万次。是Journal of Molecular Medicine杂志主编，Journal of Clinical Investigation杂志副主编。同时他还是美国科学院、美国国家医学院双院士。2016年，获得拉斯克基础医学研究奖。
诺贝尔奖委员会对于2019年获奖的科学依据：“动物需要氧气才能将食物转化为有用的能源。氧气的重要性已有数百年的历史了，但是细胞如何适应氧气水平的变化却一直未知。William Kaelin、Peter Ratcliffe和Gregg Semenza发现了细胞如何感知并适应不断变化的氧气供应。他们在上世界90年代，发现了一种分子机制，可以调节基因的活性，从而以应对不同水平的氧气。这项发现为贫血、癌症和以及许多疾病提供了新疗法。”
就像癌症研究领域的其他内容一样，低氧领域也充满了学术造假，只需单独在PubPeer搜索“ HIF”（Semenza发现的低氧诱导因子）即可。本来当人们提到诺贝尔奖时，应该是崇敬，令人尊重的，但现实却让人跌破眼镜。
有一些文章他仅仅是合作者，但是在许多情况下，Semenza是作为通讯作者，因此最终的责任人是他。毕竟，诺贝尔奖承认的获得者还得看最重要的通讯作者（大通讯）。
在Semenza获得诺贝尔奖之际接受《临床研究杂志》（JCI）采访时表示: “我年轻时假装我是一名联邦调查局特工，其实调查犯罪，跟做科研很像。不是吗”
现在，“科学侦探”克莱尔·弗朗西斯（Clare Francis）对Semenza的论文进行了调查。截至到10月16号，有32篇文章出现问题，超过了另一位作假大亨同时也是诺贝尔生理学或医学奖得主路易斯·伊格纳罗（LouisIgnarro，被爆28篇论文），因此Semenza的作假还是相当严重的。
P图技术一脉相传

闲言少叙，让我们看看Semenza教授都有哪些“战绩”，首先是一篇8年前有关HIF-1的论文：
图A中的条带，这两条看起来像是复制粘贴了。图6使用了完全无关的实验样本。从条带的形状和间距来看，β-肌动蛋白印迹与图B和图G中的凝胶都不匹配。不过研究结果在另一篇文章被撤回，明显是心虚的表现。
或者是这篇7年前的论文，又由Semenza担大通讯，诺贝尔奖获得者给我们展示了他的美图秀秀能力。
论文的第一作者Daniele Gilkes现任约翰霍普金斯大学的助理教授，是Semenza的得意门生，与其导师关系密切。或者有人认为Semenza过于繁忙，不清楚他的博士后在做什么。
我们这里引用Daniele Gilkes说的话：“有一位既是临床医生又是科学家的导师对我的培训极为重要和有影响力， Gregg帮助我专注于可以对改善研究结果而产生影响。” 这句话就很有深意啦，到底什么叫做专注于改善研究结果，那就不得不让人思考。
她还指出，即使实验室中有多达15人，Semenza始终会迅速回答她的问题。她表示也可以像她的导师一样如此的关心自己的学生，不过很遗憾，这是很难去模仿的。
不知道Gilke现在有没有教她的学生“ Photoshop的艺术呢？结果不得而知。不过这儿另有一篇她一作的文章，同样来自于Semenza实验室，同时约翰·霍普金斯大学副校长Denis Wirtz也是这篇文章的合作者。
有趣的是，这位副校长还要以此身份负责调查我们诺贝尔奖得主论文是否涉嫌研究不当行为，调查内容包含他自己有参与的那篇文章。不知道副校长同志能否大义灭亲。
下一篇来自Semenza实验室的Gilkes等人的论文，同样Wirtz是合作者，也是唯一成功的撤回文章。因为PNAS从来都不关心此类事情，因此肯定不会发表（即，并非真正的同行评审）论文。而这篇文章同样由美国国家科学院成员Semenza亲自贡献。

HIF2a条带被重新使用，经过一些拼接，样品标签保持不变。但是不知道为什么只把这里抹去而不改其他结果？比如HIF1a或pMLC，也许是两个数字显示的结果略有不同，不易察觉吧。
来自Semenza实验室的下一篇论文（由Gilkes等），其中图5C在2013年进行了修订，因为它存在“不正确性”。但是该杂志未给出更加详细的说明，另外提一句，Semenza是该杂志的副主编。
当这位诺贝尔奖获得者在2020年1月作为JCI 的副主编接受同事Elyse Dankoski采访时，他被问到：“当你评估在一篇提交的文章时，你的评判标准是什么？”。他回答很有趣：“非常简单，只需回答两个问题：这部作品新颖且有影响力吗？论点支持充分么？”
读到这里，亲爱的读者你觉得他克隆的条带是否足够新颖和有影响力，并且是否能够充分支持Semenza博士，约翰·霍普金斯实验室获得诺贝尔奖呢？
中日韩友人

我们再展示一些Semenza教授的作品，首先是作为合作者的文章。例如，Semenza与芝加哥大学的Nanduri Prabhakar合作。Prabhakar甚至在Semenza获得诺贝尔奖的时候在JCP上写了一篇社论。足以看出他们关系是有多“铁”。
以下三篇论文均来自芝加哥，第一作者为Guoxiang Yuan  ，但让人思考的是，如果没有搭上Semenza这位 “诺贝尔”先生作为合作者，这些文章还会在这种级别的期刊上发表么？至少肯定不是在PNAS上，那么Semenza先生对这些文章有什么“贡献”呢，可能是帮助它们绕过同行评审直接刊登。
如此之多的复制粘贴让人感到震惊和沮丧，但是更令人沮丧的是，这份期刊都不会撤回它们，或者说一开始就不会撤回，因为Semenza获得了诺贝尔奖。
此外另一篇合作论文出现类似问题，促使一位Cell Press的编辑承认，Semenza根本不在乎基本数据的完整性。
Clare Francis：“p-AKT看上去与其他3个的印迹不同
基本上，磷酸化AKP印迹来自不同的凝胶，没有进行上样控制。但在Cell Reports总编辑Stephen Matheson写信给Clare Francis中表示：“我同意你观点，但我认为那不是问题，我根本不需要这些都来自同一方面。”在被问到为何如此相信时，这位主编表示，因为其中一位作者获得了诺贝尔奖。
顺便说一句，Semenza是该论文中唯一的非中国作家，那么他的作用不言而喻。确实，有时候一些论文会加上一些没有实际贡献的名字。但是Semenza通过这种方式不仅有助于使该论文发表在Cell子期刊上，而且还有助于他们继续在那里发表文章。
Semenza的慷慨遍及世界，这此是帮助来自韩国学者在Cell Press发表论文，Semenza的名字再次脱颖而出，成为约翰·霍普金斯实验室唯一的贡献者。
Molecular Cell的审稿人对此没有任何疑问？好吧，可能因为作者顶着诺奖光环。Cell Press 和Elsevier会对虚假数据不予理睬，但是折磨动物呢？
这项研究是在美国约翰·霍普金斯实验室完成的，真的没人注意到这些肿瘤长得如此巨大吗？以至于这些可怜的老鼠必须遭受如此可怕的痛苦。根据美国《实验动物管理和使用指南》这些裸鼠应该早在肿瘤变得如此大之前就被安乐死了吗？作者不会注意，那编辑还有审评人也熟视无睹吗？现在肿瘤学的文章都可以这样肆意妄为？难道还是因为其中一位作者获得过诺贝尔奖吗？就可以睁一只眼闭一只眼？
好吧，我们还是说回克隆的蛋白质印迹带吧，至少他们还很有趣，这有一些Semenza博士早期的作品，是他与日本Kiichi Hirota  合作发表的文章。
Hirota在1999年至2002年担任约翰霍普金斯医学院客座教授，同时成为Semenza的合作者。前者在Nature Genetics发表的文章，同样被指出在凝胶条带存在伪造现象。
2019年，Semenza受Hirota之邀在关西医科大学为学生做科研讲座。他们的关系真的情比金坚，不愧是多年的战友。最后Semenza深情“告白”  You are where I once was, I am where you will someday be
2011年，Semenza与他的日本同事们一起撤回了Tomita等人2007 年在Biochemical Journal上发表的文章，并表示由大通讯Naoki Mori对于文章中的虚假数据承担全部责任。

有意思的是，当他获得诺贝尔奖，Semenza在接受ACS采访时说：“所有科学都是协作的成果。我在实验室中有所有这些努力工作的博士后、研究生和本科生。每个人都是作为一个整体在工作。我的实验室中有一群非常好的人。我挑选人员的主要标准是，良好的协同能力，因为我们在一起花费了很多时间。”
“我们不禁要问，Semenza教授因为他的实验室发表的文章获得大量奖项与荣誉，甚至还获得了诺贝尔奖，那现在是不是要为你虚假实验数据买单呢？

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寒郁轩良 · 发表于 2020-12-23 10:20

当你在屋子里面发现一个蟑螂的时候，说明你的房子里已经有很多蟑螂了。

123456819 · 发表于 2020-12-23 10:27

原始积累是残酷的，丑陋的，肮脏的。在你科研自由的道路上，必须要经过这一步（除非你老板人脉圈已经完成了这一步）。
现在的科研风气就是一坨屎。不是说国内，是全世界。
前段时间nature的新任女主编过来，还有机会近距离交流了下，觉得好有风度，好学术，好nice。
然后本来要投nature，绞尽脑汁写了cover letter，说自己怎么怎么有significance ，怎么怎么conception outbreaking。就听说了隔壁实验室傍上了一个大佬，他推荐的nature和cell都直接进review。人家的cover letter什么样的呢：还记得我们在哪里哪里共进午餐吗？果不其然分分钟两个nature，灌得速度之快瞠目结舌。
同样这个大佬，同样隔壁实验室垃圾文章灌水一个大杂志（名字不说了），被秒拒，大佬一通电话骂的对面主编狗血淋头，直接接收了。
大家都是爱钱，爱物质，怕背刺，怕得罪别人。老外也一样，表面一套一套，背后花花肠子比谁都多。
呵呵，这怎么和别人竞争？

塞翁364 · 发表于 2020-12-23 10:28

western条带真是重灾区，曾经在国内时候见过排列组合western照片的神通。这种事是防不胜防的，反正条带脸上也没写着自己的分子式，放在一起你说什么就是什么，真不需要AI处理什么的，PS拼图那是他自己作死，不会找个一样长的条带吗？连这点功夫都不愿意那得多懒或者多狂妄啊。
还有一种高级一些的神通是直接操纵上样量，要跑出什么比例就给你出什么比例，反正图片中内参从来不会跟样品连着的。技术好的人直接跑两块胶，一块内参，一块样品，能做到条带看起来像是一块胶上的。为什么我知道呢？因为我也能做到，关键是上样手要稳，枪头要插到底，甘油浓度要高，预先稀释好使上样体积接近，跑胶电压低一些，通冷却水降温。
至于RT-PCR和光谱数据（比如细胞增殖），那是无图无真相，纯数字，根本就是个任人涂抹的小姑娘，你说什么就是什么，不信咱们拿一些C/N/S文章，找到原始数据，做个本福特检验试试。
这位大牛可能是文章发多了，排列组合得自己忘了，用了重复的，或者是懒得连多跑一块胶都不愿意，或者是觉得自己太牛逼，不可能有人会查？
生物医学发表的数据的可信度就这样，置信程度不到5%，我没写错0。
后来在袋鼠国，倒是真的实诚，western跑不出来就重做，后来碰到某个CLIP是真一点结果都没有，重做到半年做不出来我弃坑为止。可能袋鼠们日子过得安逸，懒得动这个心思，也可能是我的级别还太低，没资格接触这些高级神通？

永远就三年疗 · 发表于 2020-12-23 10:30

感想主要有两点∶
一是，计算机真有用，劝退学科也需要学习计算机编程知识。试想，如果能写个小程序，以此按照大老板的懿旨来生成数据以及那些跑胶图，谁能发现造假？
二是，PS得进科班学习，确保每个人都有出色的PS“技巧”。凡是用Windows画图板处理论文图片的学生，一律开除！/狗头

井底燕雀傥 · 发表于 2020-12-23 10:33

从某种程度上来说也看出生物学界无论学生还是老师甚至是大牛，大多都是两耳不闻窗外事。
大家都说p图是主要的造假方法。而p的图100个里面有99个是电泳图。
电泳图居然还需要p图造假，这个问题之下一堆玩梗的答主还提议用复杂的随机算法来消除p图产生的人为印记。足以说明大家的思路都被p图这种方法限制住了。
电泳造假太简单了，谁知道你电泳里面跑的是啥分子啊？目标蛋白质或者DNA电泳结果不符合预设的结论，那干脆用标准品来跑电泳，分子量只要控制得当，电泳结果要多完美有多完美，完全不需要p图。还费劲搞什么算法加噪音，给人揪住小辫子，堂堂诺奖得主斯文扫地。
照这个方法，强如pubpeer，至少在图象分析这方面完全找不到破绽，它有本事从图像上看出这蛋白质或者DNA是假的？
只要各位生物学大牛都学会了这一招，除非上了大新闻，多个实验室重复不出来，那么造假至死都查不出来。那时候的生物学界，就是其乐融融，众正盈朝了。
杀人放火金腰带，修桥补路无尸骸。

冀苍鸾 · 发表于 2020-12-23 10:38

改命还是得靠瞎编啊……
有一次说数据出不来毕不了业咋办呀
男朋友说数据你做不出来你就编啊，你弄得好不代表仪器他好啊……
我说编怎么能行，虽然也有是编的吧……
男朋友说害，自然科学看命，但有时候我命由我不由天啊…最近那么多做不出数据自杀的多吓人……
我说有道理…
男朋友说你还没考上研究生呢你愁个屁，跨考不就完了…
后来学了哲学方向，发现也是编，但是理直气壮，想必这就是我命由我不由天吧。

462710480 · 发表于 2020-12-23 10:39

印象里，以前在中国范围内，医学是论文造假的重灾区，因为医生晋升要科研成果，很多医生都选择购买，于是论文公司从数据到审稿人，一套全给伪装好。
在世界范围内，造假的重灾区一直都是生物和相关的医学，从生造出“心肌干细胞”的研究领域到这次诺奖得主参与的论文造假，层级之高，令人咋舌。
有朋友和我说，生物学实验真做出来的数据，也经常重复不了，因为体系太复杂，涉及的影响因素太多。这使得它成为了造假的温床。
如果这位诺奖得主被更广泛的实锤（大范围撤稿），我希望国内能跟进处理参与人；毕竟“心肌干细胞”那次，国内那么多跟着做的人，好像全P事没有，我挺失望的。

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